因为原核生物缺乏翻译后的修饰，所以表达的真核蛋白和真核中表达有所差异，可能没有生物学活性等，但是要是做免疫原应该没问题；

基因需为cDNA，不能含有内含子，原核细胞不能对mRNA进行剪切；

要分析DNA序列信息，分析其密码子，由于原核与真核生物的密码子偏好性不同，所以有时可能会出现稀有密码子而影响表达的情况；

要注意你要表达蛋白的大小问题，一般情况下大于70KD的蛋白在原核菌种不容易表达或表大量低；

原核表达出来的一般是包涵体，所以蛋白的复性很关键，否则表达出来了也不能用，没有活性。