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①选取的RNA序列不对；
②样品中没有表达互作的蛋白质。
③互作蛋白浓度低，银染图肉眼观察不到差异条带。
④其他
更多建议：
①lncRNA序列前期验证要完善；
②选择相应蛋白质表达量较高的组织或细胞样品；
③体外转录选择转录质量高的试剂盒，操作过程避免Rnase的污染；
④保证RNA Pull-down实验中探针标记以及探针与蛋白的结合充分进行（依据体外转录RNA的量，样品裂解液蛋白浓度）；
⑤尽可能多将洗脱的蛋白电泳（同时可以避免显色时间过长）
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